Comenzó su carrera en el Nantes para pasar a jugar en 1992 al Olympique de Marsella y ganar la Champions League al año siguiente. En 1994, mientras era del ACMilan nuevamente ganó la Champions League ante el #FutbolClubBarcelona y su famoso Dream Team compuesto por jugadores como Romario, Stoichkov, Laudrup, etc., siendo el primer jugador en ganarla en temporadas consecutivas con clubes diferentes. Aunque él prefiere ser defensa, también jugó en el mediocampo alguna vez.
Desailly entonces se fue al club inglés Chelsea F.C., donde jugó de central hasta el final de la temporada 2003-04. Después de la Eurocopa 2004, se retiró del fútbol internacional como el líder de todos los tiempos en partidos jugados con Francia (116). Jugó en 2005 por el AlGharafa de Catar y el Qatar SC.
